Institusi ini  pada mulanya bernama Balai Penyelidikan Penyakit Mulut dan Kuku (BPPMK ) yang rencana didirikan pada tahun 1952  bertempat di Jakarta, akan tetapi berbagai kesulitan dan pertimbangan yang dialami pada waktu itu maka BPPMK didirikan di Wonocolo Surabaya berdasar kepada surat keputusan Menteri Pertanian Tanggal 12 September 1952 No. 92/Um/52. BPPMK ini mempunyai tugas utama memproduksi Vaksin Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) untuk keperluan Indonesia dan Asia Tenggara.  Selain itu BPPMK dijadikan sebagai Regional Refference Laboratory untuk penelitian dan diagnostik PMK di Asia Tenggara.

Nama BPPMK mengalami perubahan nama pada tahun 1955 menjadi Lembaga Penyidikan Penyakit Mulut dan Kuku (LPPMK). Pada tanggal 24 Juni 1959 kemudian berubah lagi menjadi Lembaga Penyakit Mulut Kuku yang diresmikan oleh Menteri Pertanian Mr. Sadjarwo dengan didampingi Direktur LPMK Dr. FK. Waworoentoe.

Pada tanggal 10 April 1967 Lembaga ini berubah nama lagi menjadi Lembaga Virologi Kehewanan (LVK) yang diresmikan oleh Menteri Pertanian Kabinet Ampera Major Djenderal TNI Sutjipto SH dengan didampingi  Direktur Lembaga Prof. Dr. R. Tanjung Adiwinata. Lembaga ini bertugas tidak hanya menangani Penyakit virus PMK tetapi juga menangani penyakit-penyakit hewan lainnya seperti New Castle Disease (Tetelo) dan Rabies (Anjing Gila).

Pada tanggal 22 September 1978  LVK berubah menjadi Pusat Veterinaria Farma (PUSVETMA) berdasarkan  SK. Menteri Pertanian No. 317/Kpts/Org/5/1978 tanggal 25 Mei 1978 yang mempunyai tugas melaksanakan pengadaan dan penyaluran Vaksin, Antisera, Diagnostika dan Bahan Biologis lain dalam rangka penanggulangan, pengendalian dan pemberantasan penyakit hewan berdasarkan peraturan perundangan yang berlaku.

Pada tanggal 5 Februari 2010, Pusvetma menjadi  Satker PK Badan Layanan Umum (BLU) secara penuh sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan nomor : 55/KMK.05/2010.

Selanjutnya Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 39/Permentan/OT.140/6/2012 tanggal 5 Juni 2012 Institusi ini menjadi Pusat Veteriner Farma yang mempunyai tugas melaksanakan produksi, pengujian, distribusi dan pemasaran serta pengembangan produksi vaksin, antisera, diagnostika dan bahan biologis lainnya. Pusvetma memiliki kantor dan fasilitas laboratorium di Jl. A. Yani 68-70 Surabaya, laboratorium antisera di Jl. Oro-oro Ombo Batu dan instalasi kandang ayam Specific Antibody Negative (SAN) di Jl. Karah Surabaya.

Untuk memenuhi standar kompetensi pengujian, pada tahun 2006 Pusvetma mendapatkan Sertifikat SNI  ISO/IEC 17025 : 2008 dari Komite Akreditasi Nasional (KAN) dengan nomor akreditasi LP-293-IDN serta sudah update ke SNI ISO/IEC 17025:2017 pada tanggal 2 Januari 2019, selain itu Pusvetma juga mendapatkan Sertifikat ISO 9001 : 2008 pada bulan November 2012 dan telah update ke ISO 9001:2015 pada 3 Desember 2018.

Selain itu Pusvetma juga telah menerapkan Sistem Manajemen Anti Penyuapan SNI ISO 37001:2016 dengan nomor akreditasi LSSMAP-001-IDN sejak 3 Desember 2018 dengan tujuan untuk mencegah dan memberantas korupsi dari berbagai aspek sesuai Instruksi Presiden No. 10 Tahun 2016.