Page 11 - SOP Uji Biomolekuler untuk PMK

5. UJI SEKUENSING VP1

5.1. Alat dan Bahan
Bahan
1. QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen).

®
2. SuperScriptTM III One-Step RT-PCR Platinum Taq High Fidelity (Invitrogen).
3. 100 bp DNA Ladder (Invitrogen). Agarose LE (Roche).
4. Sybr Safe (Invitrogen).
5. PCR Clean Up Gel Extraction (Macherey-Negel).

6. BigDye™ Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems).
7. BigDye XTerminator™ Purification Kit (Applied Biosystems).

8. SeqStudio™ Cartridge V2 (Applied Biosystems).
9. Primer FMD UNI-VP1F: 5’-TGTAAAACGACGGCCAGT AGYGCYGGYAARGAYTTTGA-3’.

Primer FMD UNI-VP1R: 5’- CAGGAAACAGCTATGAC CATGTCYTCTYGCATCTGGTT-3’.
Alat

BioSafety Cabinet, PCR Cabinet, Mikropipet, Sentrifus, Vortex, Spindown, Thermal cycler
(ProFlex PCR System, Applied Biosystems), Gel Documentation/High Performance Ultraviolet

Tranluminator (UVP), SeqStudio (Applied Biosystems).

5.2. Prosedur Uji
5.2.1 Ekstraksi RNA
1. Buffer AVL sebanyak 560 μl yang mengandung carrier RNA dengan perbandingan : volume

Buffer AVL 0,56 ml + carrier RNA-AVE 5,6 μl dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml.
2. Tambahkan sampel sebanyak 140 μl, vortex 15 detik.

3. Inkubasi pada suhu ruang selama 10 menit.
4. Spin down sebentar.

5. Kemudian ditambahkan 560 μl Ethanol absolut, divortex 15 detik, lalu dilakukan spin
down.

6. Ambil 630 μl cairan dari step 5 lalu dimasukkan ke dalam spin column dan disentrifus
dengan kecepatan 8000 rpm selama 1 menit. Letakkan spin column pada tabung

penampung yang bersih, dan buang tabung penampung yang mengandung filtrat.
7. Ulangi step 6.

SOP UJI BIOMOLEKULER PMK Pusvetma 2020 Rev 2024 | 11